NFA extension

G16のexternalを使ってNFA計算を実装するための情報収集ページ。

NFA_extension.tgz

externalについて

• external - Gaussian公式ページ external_link
  • Gau-XXXX.EInというファイルに構造情報(原子番号、座標、電荷、atom type、connectivity)が出力され、これを外部のプログラムに読ませて、エネルギ ーや力勾配をGau-XXXX.EOuに書き出せば、Gaussianがその情報を読み取ってくれる。
    • EOuファイルはフォーマット遵守の必要あり。
    • エネルギーのみ必要ならば勾配は全て0で良い。
  • externalを使ってNFAのエネルギーを出力させるようなスクリプトを書けば、NFA利用の敷居を下げることができるはずだ。
    • 実験系のユーザーを想定。
    • （意味があるかは不明だが）相互作用最大化の構造最適化も容易に実装できる。

構想

• externalで呼び出したg16にF0,F1,F2,F12の4回分の計算を実行させて各エネルギーを足し引きすればNFAのエネルギーが得られる。実装案は以下の２つ。

• 案１: F1, F2, F12という情報をatom typeに持たせて、外部スクリプトにEInを読ませて、それぞれのフラグメントのインプットファイルを出力させ、g16を>実行させる。

  • 実装は比較的楽だが、atom typeをテキスト上でgjfファイルに書く必要があり、少し敷居が高くなるか？

• 案２: gviewでユーザにfragment=1,2,3の情報をgjfファイルに持たせて、外部スクリプトにgjfファイルを読ませて、それぞれのフラグメントのインプットフ ァイルを出力させ、g16を実行させる。

  • EInには元のgjfファイル名の情報がないため、lsofを介してgjfファイル名を拾ってくる必要あり。
  • ユーザー側の操作がほぼgviewだけで完結するので、非計算系向け。

• 実装に際して、下記のサンプルスクリプトが参考になるはず。

参考用サンプル

test0726_mod

• G16本家のexteralサンプルインプット(の微修正版)
  • extuffexシェルスクリプトは
    /g16/bsdに入っている。これにPATHを通せば実行できる。
  • 外部でG16を呼び出してuff計算を実行する。
  • オリジナルのtest0726.comはシェルではなくバッチ版(extuffex.bat)を利用している。

extscf_sample

• exuffexをscf計算用に修正したシェルスクリプト
  • extscfにパスを通して使う。中で呼び出す用のインプットファイルのヘッダはR.headにかく。

lmp-gaussian_sample

• externalでLAMMPS(reaxff)を呼び出すpythonスクリプトを利用するサンプル
  • lmp-gaussianとLAMMPS(lmp_serial)にパスを通せば使える。

connectivity_parser

• external用ではなく、ONIOMのインプットを読み込んで、Electronic-EmbeddingにおけるHigh-Model用の点電荷を出力するだけのpythonコード断片。
  • フラグメントを跨ぐ結合情報を取得する上で、このコード断片が使えるはず。

gauparse external_link

• Gausianのログファイルパーサ。

extnfa_TBD

• 上記スクリプト群をもとに途中まで作成したnfaのexternal実装。
  • 現状ではf0のインプットを内部で作って計算するのみ。 ~